El municipio de Ensenada está dividido administrativamente, según el Artículo 9 de la Ley Orgánica de Administración Pública Municipal del Estado de Baja California, publicado en el periódico oficial del 30 de Septiembre de 1989 y el Artículo 98 del Reglamento Interior del Ayuntamiento de Ensenada, publicado en el periódico oficial del 23 de Febrero de 1996, en 23 delegaciones que son.

1. La Misión
2. El Provenir
3. Francisco Zarco
4. Real Del Castillo
5. El Sauzal
6. San Antonio De Las Minas
7. Chapultepec
8. Maneadero
9. Santo Tomás
10. Eréndira
11. San Vicente
12. Valle De La Trinidad
13. Punta Colonet
14. Camalú
15. Vicente Guerrero
16. San Quintín
17. El Rosario
18. Puertecitos
19. El Mármol
20. Punta Prieta
21. Bahía De Los Ángeles
22. Villa Jesús María
23. Isla De Cedros